Dann sollte auf einem Element (SC in der Schlacht bzw. der Gesamtschlachtverlauf) der Fokus liegen - beides parallel laufen zu lassen würde heissen, dass beide Elemente denselben Ausgang haben müssten, doch während die SC vielleicht an einer kleinen Stelle erfolgreich sind, kann die gesamte Schlacht verloren werden und dann funktioniert das Ganze nicht. Im Grunde kann das auf drei mögliche Herangehensweisen heruntergebrochen werden:
1. Der Fokus liegt auf den eigenhändig in der Schlacht kämpfenden SC und das drumherum ist mehr Kulisse und nicht wirklich ergebnisoffen. Die SC können natürlich hier und da wichtige, die Schlacht entscheidende Stellschrauben sein (schaffen ihr Sonderkommando es, den Spezialwaffen-Belagerungsturm einzunehmen oder per Geheimgang dem Feind in den Rücken zu fallen), doch das wird dann halt schon spezifisch und ist nicht für jede Schlacht gleichsam anwendbar.
2. Der Fokus liegt auf dem Schlachtverlauf. Nebenbei können die SC auf mitkämpfen, aber spätestens wenn ihre Seite aufgerieben wird sehen sie sich - vielleicht als Letzte - einer unbezwingbaren Übermacht gegenüber (da hilft dann vermutlich nur noch Teleport - seeeehr gruppenspezifisch).
3. Die SC kommandieren gleich größere Einheiten, in denen sie mitmischen. So können die Truppen einer ganzen Seite auf 1 Regiment pro SC aufgeteilt werden und dann geht es raus aufs Feld. Während man bei den SC ans direkte Kampfgeschehen heranzoomt, kämpft der grobe Rest in Massen, beispielsweise in 10-Manngruppen, die aber nur durch die Werte einer Figur dargestellt werden (eventuell noch Schwertfutter-/Minionregeln dazu, damit es schneller geht).
Das geht dann sogar mit Battlemat:
1 Mini = 10 Mann bzw. 1 SC -> Da werden dann aus 10 Minis + 1 SC-Mini gleich 100 Soldaten mit ihrem Anführer, die auf gleichsam gestrickte Gegnerminis treffen.
Da trifft zwar alles hier jetzt nicht den Kern der Ausgangsfrage, hat imho aber dennoch seine Berechtigung, da die Klärung dieser Frage der vorher nötige Schritt dazu ist.